导师风采
李发根
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  • 职称:研究员
  • 性别: 男
  • 所属所(中心):热林所
  • 所属专业: 遗传学  、 林木遗传育种
  • 邮箱 : lifagen@caf.ac.cn
  • 办公电话 : -18998368577

个人简介

Personal Profile

2010 年博士毕业于中国林业科学研究院,2003年在中国林业科学研究院热带林业研究所工作至今,主要从事林木遗传育种及林木基因组学研究,主持国家重点研发计划、国家自然科学基金、广东省自然科学基金、广东省林业科技创新项目等项目,发表论文30余篇,获得国家发明专利6项,新品种权5项。


研究方向及内容

Research Directions

主要研究方向: 重点开展珍贵用材树种、乡土树种及林下药用植物遗传育种等方面研究。



主要研究内容:

以桉树为材料,围绕速生、材性、抗病等目标性状,利用重测序开发覆盖全基因组的分子标记。通过开展关联分析挖掘与性状显著关联的功能基因位点,定制芯片开展基因组选择及分子标记早期辅助选择研究,结合多组学分析,构建核心杂交育种群体。已发表SCI论文20多篇,获批发明专利及新品种各5项,通过构建高效精准的育种技术体系,实现优质高抗新品种/系的精准选育,进一步提升我国桉树育种和种业技术水平,保障国家木材安全,促进林业高质量发展。

以大花序桉为对象,筛选心材比例及心材颜色不同的材料,研究其水分含量、矿质元素、化学成分和代谢产物变化,并从转录、代谢和表观水平挖掘心材形成的关键基因,开展功能验证,进而培育心材率高、材性优、材色佳的优良种质资源。研究可促进我国珍贵用材树种建设,以缓解珍贵用材资源匮乏以及市场供不应求的局面。

珍稀乡土树种是构建稳定生态系统的首选,不但具备较高的经济价值,同时具有突出的社会效益。通过收集野生珍稀乡土树种资源,开展遗传多样性评价及保育,开发功能性状分子标记,挖掘优异种质。通过人工促进天然更新、核心种质构建、遗传多样性评测及适应性评估为生态修复提供优异种质并提升生物多样性水平,有助于乡村振兴和绿美广东的生态文明建设。



科研项目
项目列表

广东省林业局,广东省林业科技创新项目,2016KJCX014,利用QTL精细定位加速桉树人工林品质改良,2016-05至2018-12,30万元,已结题,主持

广东省科技厅,广东省自然科学基金,2020A1515010974,整合QTL及RNA-seq的桉树材性候选功能基因挖掘及验证,2019-10至2022-09,10万元,已结题,主持

海南热带雨林国家公园生态修复示范与应用研究,2021-11至2021-12,27万元,已结题,参加

主持院基金重点项目“不同纬度上林木异速生长适应性分化研究”,2021-01至2025-12,130万元,在研,主持

国家重点研发计划,2022YFD2200203--2,桉树优异育种资源挖掘及核心育种群体构建,2022-11至2027-10,66万元,在研,主持



科研成果

代表性文章:

·        Ping Wang, Cuirong Jia, David Bush, Changpin Zhou, Qijie Weng, Fagen Li*, Haiwen Zhao, Hairun Zhang. Predicting genetic response to future climate change in Eucalyptus grandis by combining genomic data with climate models. Forest Ecology and Management, 2023, 549, 121492. https://doi.org/10.1016/j.foreco.2023.121492

·        Xianliang Zhu, Qijie Weng, David Bush, Changpin Zhou, Haiwen Zhao, Ping Wang and Fagen Li*. High-density genetic linkage mapping reveals low stability of QTLs across environments for economic traits in Eucalyptus. Front. Plant Sci, 2023, 13:1099705. doi: 10.3389/fpls.2022.1099705

·        Xianliang Zhu, Jiayue He, Changpin Zhou, Qijie Weng, Shengkan Chen, David Bush, Fagen Li*. Xylem Transcriptome Analysis in Contrasting Wood Phenotypes of Eucalyptus urophylla × tereticornis Hybrids. Forests 2022, 13, 1102. https://doi.org/10.3390/f13071102

·      Fagen Li, Fang Yang, Qijie Weng, Guantian Yin, Mei Li, Siming Gan* Generation and analysis of expressed sequence tags (ESTs) for microsatellite marker development in Calamus simplicifolius C. F. Wei. Molecular Breeding, 2013, 31(4): 867-877.

·        Fagen Li#, Changping Zhou#, Qijie Weng, Mei Li, Xiaoli Yu, Yong Guo, Yu Wang, Xiaohong Zhang, Siming Gan*. Comparative genomics analyses reveal extensive chromosome colinearity and novel quantitative trait loci in Eucalyptus. PLoS One, 2015, 10(12) e0145144. doi:10.1371/journal.pone.0145144.

·        贾翠蓉, 朱显亮, 王莉, 周长品, 翁启杰, 甘四明, 李发根*.基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析.中南林业科技大学学报, 2020, 40(10): 101-108.

·        周长品, 翁启杰, 甘四明, 姬红霞, 陈升侃, 王莉, 李发根*. 应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测. 南京林业大学学报(自然科学版), 2018, 42(4): 83-88.

·        朱显亮, 兰俊, 王建忠, 翁启杰, 周长品, 甘四明, 李发根*. 中大径材尾细桉杂种无性系选择研究. 南京林业大学学报(自然科学版), 2020, 44(2): 43-50.

·        何佳悦, 王莉, 贾翠蓉, 朱显亮, 王亚琴, 翁启杰, 周长品, 甘四明, 李发根*. 基于Kingfisher Flex系统树木叶片RNA的提取方法比较及优化. 分子植物育种, 2020, 18(9): 3009-3017.

·        朱显亮, 周长品, 贾翠蓉, 翁启杰, 李发根*. 尾细桉生长和木材密度关联SNP挖掘与候选基因定位. 南京林业大学学报(自然科学版), 2021, 45(4): 143-150.

·        赵海文,王平,翁启杰,李建凡,赵玉清,陈莹莹,李昌荣*,李发根*. 大花序桉心边材变异规律及候选基因挖掘研究, 热带亚热带植物学报, 2024, 32(2): 237-246.

·        赵海文, 周长品, 刘一贞, 樊小丽, 汤道平, 李发根*. 粗皮桉早期生长模型拟合以及生长节律研究,华南农业大学学报, 2025, 46(2): 212-221


获奖:


著作:


专利:

·        李发根, 周长品, 甘四明, 翁启杰, 何佳悦. 一种SNP组合及其在桉树无性系鉴定中的应用. 专利号:ZL 2019 1 0180669.6. 2022-04-01;C12Q1/6895;C12N15/11

·        李发根, 甘四明, 贾翠蓉, 翁启杰, 周长品, 朱显亮. 一种基于双酶切的简化基因组测序文库的构建方法. 专利号:ZL 2019 1 0665025.6. 2023-06-06;C12Q1/6806;C40B50/06;C12N15/10

·        甘四明,李发根,翁启杰,李梅,周长品,于晓丽, 一种基于荧光duTP的自动检测SSR分子标记的方法,2013,中国,ZL 2010 1 0239919.8

·        尹光天,李荣生,李发根,杨锦昌,邹文涛,李建光,鉴别蛇皮果性别的DNA片段、引物和方法,2013,中国,ZL 2012 1 0004925.4

·        周长品,李昌荣,李发根,翁启杰,陈升侃,王莉,甘四明. 用于鉴定桉树无性系的STR引物及其应用(发明专利): 中国, 201710671363.1. 第三发明人

·        周长品,李昌荣,李发根,翁启杰,陈升侃,王莉,甘四明. 用于鉴定桉树无性系的STR引物、PCR试剂盒及方法(发明专利): 中国, 201710761216.3. 第三发明人


其它:

·        1. 甘四明,翁启杰,李发根,李梅,吴坤明,吴菊英,洪长福,陈国彪,林东升. 热桉1号,(良种): 20150173. 第三完成人

·        2. 甘四明,翁启杰,李发根,李梅,吴坤明,吴菊英,洪长福,陈国彪,林东升. 热桉2号,(良种): 20150174. 第三完成人

·        3.甘四明,李发根,翁启杰,周长品,李梅,汤建福,王炳南,周建清,洪长福. 热桉4号,(良种): 20200042. 第二完成人

·        4.甘四明,周长品,翁启杰,李发根,李梅,汤建福,王炳南,周建清,洪长福. 热桉5号,(良种): 20200043. 第四完成人

·        5.甘四明,翁启杰,汤建福,王炳南,周长品,李发根,李梅,周建清,洪长福. 热桉3号,(良种): 20200043. 第四完成人





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